日本国驻重庆总领事馆（Consulate-General of Japan in Chongqing），位于渝中区，现任总领事高田真里，是日本在中国的领事机构。
日本国驻重庆总领事馆有申请签证、对日直接投资负责窗口等业务。1998年3月，设立日本国驻华大使馆领事部驻重庆办公室，2005年1月1日，升格为日本国驻重庆总领事馆。2024年3月22日，日本国驻重庆总领事馆在重庆市举办了庆祝日本天皇皇帝诞辰招待会。
历史沿革
1998年3月，设立日本国驻华大使馆领事部驻重庆办公室，2005年1月1日，升格为日本国驻重庆总领事馆。该馆是日本在中国的领事机构，领区为重庆市、四川省、云南省及贵州省。
2018年1月23日，日本国驻重庆总领事馆设立20周年纪念标志设计表彰仪式在渝中区举行，日本国驻重庆总领事馆设立20周年纪念标志正式发布。2023年5月26日～28日，重庆市解放碑街道举办了重庆都市文化旅游节，日本国驻重庆总领事馆在国际展区展出了日本展位。
2023年11月15日，“上海地银会”重庆市考察访问团一行7 位到访日本国驻重庆总领事馆。2024年3月22日，日本国驻重庆总领事馆在重庆市举办了庆祝日本天皇皇帝诞辰招待会。
机构职能
申请签证
从2009年12月21日起，旅游签证以外的申请都必须通过日本国驻重庆总领事馆指定的代办机构办理，并且申请者必须本人亲自到日本国驻重庆总领事馆指定的代办机构申请签证。旅游签证请通过日本国驻重庆总领事馆指定的旅行社申请。
对日直接投资负责窗口
日本外务省为促进对日直接投资，为在日本发展的中国企业的相关活动提供支持，在驻外公馆设置“对日直接投资负责窗口”。
领区
历任总领事
经济合作
日本为促进对日直接投资，为在日本发展的中国企业的相关活动提供支持，在驻外公馆设置“对日直接投资负责窗口”。
社会活动
2008年12月6日上午，由重庆市人民友好协会、日本驻重庆总领事馆和重庆中国三峡博物馆共同举办《中日和平友好条约缔结暨邓小平访问日本30周年图片展》在重庆开幕，以纪念中日两国友好合作关系的历史。
2022年4月19日下午，高田真里总领事访问了四川外国语大学，与董洪川校长会晤，就日语教育及文化、学术方面的交流与合作交换了意见。
2023年4月13日，由CGV影城和日本国驻重庆总领事馆共同举办的CGV影城2023日本电影展・重庆站首映礼在CGV影城重庆来福士店隆重举行，驻重庆高田真里总领事致辞。