埔尾村原名“步尾村”，因位于步头镇的后段而得名。由巴登（旧曾称巴墩、巴丁）和埔尾2个自然村组成。位于上步南路以东、巴登路以西、东园路以北、深南中路以南，面积7.72万平方米，原籍村民以郑姓为主。深圳市成立前，巴登村隶属福田公社上步大队第一生产队，埔尾村分属第一、第二生产队。至1982年底，村内田地被政府大量征用，村民开始兴建楼房。当时，巴登村有村民20余户，埔尾村有250余户。

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1983年，上步大队第一、第二生产队合并成立埔尾合作社。1985年成立巴丁村农工商企业公司。1991年有1339户、4805人，其中常住人口159户、481人，暂住人口1180户、4324人。1992年5月1日，农村城市化后的埔尾居委会成立。同年成立上步实业股份有限公司埔尾分公司。2002年“居改社”时，埔尾村并区入巴登社区。